Управление детским садом осуществляется в соответствии с действующим законодательством и уставом МБДОУ детский сад №16, строится на принципах единоначалия и коллегиальности. Коллегиальными органами управления являются: педагогический совет (осуществляет текущее руководство образовательной деятельностью детского сада, в том числе рассматривает вопросы: развития образовательных услуг; регламентации образовательных отношений; разработки образовательных программ; выбора методических и дидактических  пособий, средств обучения и воспитания; материально-технического обеспечения образовательного процесса; аттестации, повышении квалификации педагогических работников; участия педагогических работников в  методических мероприятиях),  общее собрание работников (реализует право работников участвовать в управлении образовательной организацией, в том числе: участвовать в разработке и принятии Правил трудового распорядка, изменений и дополнений к ним; принимать локальные акты, которые регламентируют деятельность образовательной организации и связаны с правами и обязанностями работников; разрешать конфликтные ситуации между работниками и администрацией образовательной организации; вносить предложения по корректировке плана мероприятий организации, совершенствованию её работы и развитию материальной базы). Единоличным исполнительным органом является заведующий – Шарова Юлия Сергеевна (утверждает штатное расписание, отчетные документы организации, контролирует работу и обеспечивает эффективное взаимодействие всех сотрудников  организации, осуществляет общее руководство детским садом).

Все функции управления (прогнозирование, планирование, организация, регулирование, контроль, анализ, коррекция) направлены на достижение оптимальных результатов воспитательно-образовательного процесса.